我國商會組織是在改革開放的歷史條件下應運而生，順應市場經濟大潮而得到發展的。經過多年的探索和實踐，商會經濟組織規模逐步擴大，層次不斷提高，社會功能和作用也日趨突山，其價值取向和政治導向總體上是積極向上和健康的，在社會經濟活動中，發揮著越來越重要的作用。然而，我國商會組織目前總體上仍處在初級階段，不同行業、不同地區之間差別很大。商會在發展過程中，也存在諸多缺陷和問題，嚴重制約著商會功能的發揮，主要表現在：
一是商會官辦色彩濃厚，運作不規范
從目前情況看，多數商會行政色彩較濃，在組織形式、運作機制、人員素質和服務水平等方面，與國外商會有較大差距。隨著市場經濟的發展，政府對商會的干預應該逐步減少，商會作為純民間的自治組織、自律性的社團法人，不應承擔政府才能承擔的職能。由于歷史的原因，有的商會、行業協會是由政府主管部門脫胎轉制而來的，具有濃厚的官辦色彩，對自己在新的條件下行使應行使職能的作用意識尚不到位，要么就是由于機構改革相關法律體系尚未健全，導致了有的商會有職無權，權與利不分或是越權越位的現象。有的政府主管部門往往把商會、行業協會看成是其專門機構或附屬組織，企業則認為它們是政府主管部門的代表，這既削弱了商會對企業的吸引力，也使得商會無法擺脫不合理的干預。
二是商會設立標準不統一，發展不平衡
商會作為民間性的團體法人，應嚴格依照有關法律法規的要求和標準設立。然而，目前我國商會的設立與分布沒有統一的標準和要求，既有按照所有制性質劃分的，也有按照行業劃分的，既有全國性的，也有區域性的。許多行業商會，是從部門管理轉向行業管理過程中直接在原有部門框架上換牌而成的，由于缺乏統一的設立與分布標準，勢必造成重復設立，職能交叉等問題，行業活動不能很好開展，權威受到損害，增加工商企業負擔。此外，各地商會組織發展也不平衡，有的地方商會發展較快，而不少地方要么沒有商會，要么商會名不副實，以至于商會的職能和作用難以得到發揮。
三是商會管理監督不力，機制不健全
在市場經濟條件下，政府對商會的管理一般不是直接管理，而是通過政策引導和必要的行政措施實施間接管理，商會依法自我約束、自我發展、自我完善。一方面，目前對商會的管理還存在空當，一些地方政府至今沒有明確分管領導主管這項工作，也沒有一個統一的管理、協調部門，結果是有利的事，各方插手，無利的事，大家甩手，甚至出現互相扯皮的現象。另一方面，由于我國的商會起步較晚，其發展缺乏經濟、法律、行政的調節手段，有些行業的管理跨度大、難度高，政府職能尚在轉換中，新舊體制下各自形成的思維方式和管理手段都在同時起作用，在這種狀況下，商會難以通過經濟的、法律的和行政的手段來實施有效的行業管理，使一些行業自律的運行機制無法真正形成，商會在實踐中的作用發揮不好，有的幾乎成為擺設。
四是商會組織缺乏必要的職能，服務不得力
由于商會為經濟服務只局限在務虛、協調關系、配合等方面，缺少經濟服務必要的職能和手段，政府應賦予的服務職能沒有賦予，工作職能不明確，缺乏應有的權利。作為工商經濟界人士的代表團體，在參與各級黨委和政府重大方針政策、重大經濟和社會決策的協商，特別是經濟政策的制定執行、民主監督等方面，地位不突出；政府職能部門在組織開展涉及非公有制經濟等活動中，商會參與程度較低。在具體操作過程中，往往導致功能不明，職權不清，造成效果不明顯甚至無所適從的情況，有的商會根本無法取得廣大工商業者的信賴和支持，這嚴重制約了商會作用的進一步發揮。
為加快商會的建設和發展，充分發揮其重要功能，目前迫切需要探索一條在思路上創新、在結構上調整、在功能上完善、在服務上加強的新路子，吸取經驗教訓和參照國外商會的先進經驗，制定符合社會主義市場經濟體制的商會運作機制：
加強法制建設，增強商會的權威性
社會主義市場經濟中的商會地位和作用僅次于政府。政府應該對商會起到指導和規范作用，商會則是政府實施宏觀管理的參謀、媒介、助手和監督者、服務者。作為活躍在市場經濟中的商會工作，要具有社會權威性，就必須有法律的保障和規范。商會活動必須擁有法的依據，得到法的保護，以法的權威性理順方方面面的關系，推動商會活動的開展。要使商會能夠發揮其應有的職能和作用，不可能只依靠地方黨政領導的開明和重視來解決，不可能靠與其它部門搶跑道、爭職權，必須通過立法的形式來解決。依法開展商會活動，這是社會主義市場經濟立法工作中一件刻不容緩的大事。
理順工作關系，突出商會的代表性
商會履行各項職能，需要政府各有關部門的合作和支持，必須理順同各有關部門的關系。當前，應建立黨政統一領導的協調機構，從上到下、從點到面理順關系，明確各自工作重點，劃清職能范圍，按照政權分開的原則開展工作。圍繞地方政府工作重點，著力打造覆蓋面廣、聯系點多、代表性強、交往頻繁，能夠充分發揮作用、體現價值的商會。
健全運作機制，強化民間商會的規范性
隨著社會主義市場經濟體制的逐步建立，在此基礎上，建立起來的商會組織必須與之同步，關鍵在于統一規范化。在工作方式上要與國際商會逐步接軌，要真正轉化成為名副其實的商會，必須逐步加強民間性、經濟性和獨立自主性，否則將難以實現向真正商會的轉軌，也談不上充分發揮商會的職能與作用。在組織建設上要形成規范化的運作方式。要借鑒國外商會的成功經驗，重點辦好幾個綜合性商會，以此為龍頭，影響和帶動其它行業協會和同業商會，形成真正的以商會為主體的全方位、多層次的商會運作機制。在自身建設上要加強自律觀念。要進一步健全商會運作的規范性，制訂一套統一、高效、可行的規章制度，嚴格照章辦事，以統一的自律機制和規章制度協調自己的行動，形成一種良性運作模式。要強化獨立自主、自我約束、自我管理和服務意識，明確自己作為市場中介組織的職能與作用，以此贏得廣大會員的信賴和支持，形成與政府及其有關部門良好的互動關系，成為溝通政府與工商業者密切聯系的橋梁和紐帶。
拓展工作職能，體現商會的服務性
根據形勢發展的需要，商會的工作對象和范圍要適當擴展，逐步形成包括政策服務、中介服務、商務服務、管理服務、法律服務、決策服務等各項內容的商會服務工作體系。按照市場經濟規律，行業管理特別是以中小企業為主的行業管理，不宜以所有制形式劃分，更不可能都由政府出面來做，應在做好非公有制經濟工作的同時，逐步把各類所有制企業納入商會工作范圍。商會組織要發揮更大的作用，就要按市場經濟的規律和要求，參照國內外一些好的做法，由政府賦予這此組織一定的職權。只有這樣，才能進一步加大商會的工作力度和深度，推動非公有制經濟健康發展。
積極引導教育，加強商會的指導性
各級黨委、政府要審時度勢，放眼長遠，及時將這一群體置于自己的視野之下，既要把商會組織置于黨的視野之下，又要防止涂上濃厚的官辦色彩，從輿論上、政策上繼續支持辦好商會組織，因勢利導地把它們的群體意識和行動納入有序的軌道。要按照建立社會主義市場經濟的要求順應我國經濟將更具開放性的發展趨勢，借鑒商會組織發達的國家和地區的先進經驗，加強對商會的領導，把商會工作納入政府工作的議事日程，特別是在涉及非公有制經濟領域發展問題時，要通過工商聯給商會布置任務、下達工作目標、及時檢查落實情況，使商會真正成為黨和政府聯系非公有制經濟人士的橋梁和紐帶，成為政府管理非公有制經濟的助手。